中央機構（２０１８年現在）
主な中央機構は長官を頂点に以下のようになっています。
| 海上保安庁長官 | ||
| 次長 | ||
| 警備救難監 | ||
| 主席監察官・監察官 | ||
| 総務部・装備技術部・警備救難部・海洋情報部・交通部 | ||
| 海上保安大学校・海上保安学校（門司分校・宮城分校） | ||
| 海上保安研究センター |
地方機構（２０１８年現在）
地方機関は大きく分けて全国を以下の十一の管区に分けています。各管区本部には、本部長、次長、総務部、経理補給部、船舶技術部、警備救難部、海洋情報部、交通部などが置かれ、その下に保安（監）部署・航空基地などが置かれており、各都道府県及びその周辺海域を担当します。
巡視船艇等は各保安部署などへ、測量船は本庁・管区本部へ、交通務船は各保安部署へ配属されています。
巡視船艇等は各保安部署などへ、測量船は本庁・管区本部へ、交通務船は各保安部署へ配属されています。
近年尖閣諸島周辺の緊迫化により、第十一管区海上保安本部管内の組織、巡視船艇が強化されており、第三管区海上保安本部管内を超えて、巡視船艇数、人員数がトップとなりました。
第一管区
| 管轄 | 北海道 |
| 本部 | 小樽市 |
| 海上保安部（署） | 小樽・留萌・稚内・函館・（江差）・（瀬棚）・室蘭・（苫小牧）・（浦河）・釧路・（広尾）・根室・（羅臼）・（花咲分室）・紋別・（網走） |
| 航空基地 | 千歳・函館・釧路 |
第二管区
| 管轄 | 宮城・青森・岩手・福島・秋田・山形 |
| 本部 | 塩釜市 |
| 海上保安部（署） | 宮城・（気仙沼）・（石巻）・青森・八戸・釜石・（宮古）・福島・秋田・酒田 |
| 航空基地 | 仙台 |
第三管区
| 管轄 | 神奈川・茨城・栃木・群馬・埼玉・千葉・東京・山梨・静岡 |
| 本部 | 横浜市 |
| 海上保安部（署） | 横浜・（川崎）・（小笠原）・（湘南）・横須賀・（湘南）・茨城・（鹿島）・（日立分室）・千葉・（木更津）・（館山分室）・（船橋分室）・銚子・（勝浦）・東京・下田・（伊東マリンパトロールステーション）・清水・（御前崎）・（田子の浦分室） |
| 航空基地 | 羽田 |
| 海上交通センター 東京湾 | |
| 航空整備管理センター 国際犯罪対策基地 羽田特殊救難基地 横浜機動防除基地 | |
第四管区
| 管轄 | 愛知・岐阜・三重 |
| 本部 | 名古屋市 |
| 海上保安部（署） | 名古屋・（衣浦）・（三河）・四日市・鳥羽・（浜島分室）・尾鷲 |
| 航空基地 兼保安部 | 中部空港海上保安航空基地 |
| 海上交通センター 名古屋港・伊勢湾 | |
第五管区
| 管轄 | 兵庫（日本海側を除く）・滋賀・大阪・奈良・和歌山・徳島・高知 |
| 本部 | 神戸市 |
| 海上保安部（署） | 神戸・（西宮）・姫路・（加古川）・大阪海上保安監部・（岸和田）・（堺）・和歌山・（海南）・田辺・（串本）・徳島・（美波分室）・高知・（宿毛）・（土佐清水） |
| 航空基地兼保安部 | 関西空港海上保安航空基地 |
| 海上交通センター 大阪湾 水路観測所 下里 | |
第六管区
| 管轄 | 広島・岡山・山口（瀬戸内海側）・香川・愛媛 |
| 本部 | 広島市 |
| 海上保安部（署） | 広島・（岩国）・（柳井）・呉・（木江分室）・尾道・（福山）・水島・玉野・徳山・（下松分室）・（三田尻中関分室）・高松・（坂出）・（小豆島）・今治・（新居浜）・（三島川之江分室）・松山・宇和島 |
| 航空基地 | 広島 |
| 海上交通センター 備讃瀬戸・来島海峡 | |
第七管区
| 管轄 | 福岡・佐賀・長崎・大分・山口（瀬戸内海側を除く） |
| 本部 | 北九州市 |
| 海上保安部（署） | 門司・（下関）・（宇部）・（苅田）・（小倉分室）・若松・福岡・三池・唐津・（伊万里）・（壱岐）・長崎・（五島）・佐世保・（平戸）・対馬・（比田勝）・大分・（佐伯）・（津久見分室）・仙崎・（萩） |
| 航空基地 | 福岡 |
| 海上交通センター 関門海峡 | |
第八管区
| 管轄 | 京都・福井・兵庫（瀬戸内海側を除く）・鳥取・島根 |
| 本部 | 舞鶴市 |
| 海上保安部（署） | 舞鶴・（宮津）・（香住）・敦賀・（福井）・（小浜）・境・（鳥取）・（隠岐）・浜田 |
| 航空基地 | 美保 |
第九管区
| 管轄 | 新潟・富山・石川・長野 |
| 本部 | 新潟市 |
| 海上保安部（署） | 新潟・（佐渡）・（上越）・伏木・（富山分室）・金沢・七尾・（能登） |
| 航空基地 | 新潟 |
第十管区
| 管轄 | 鹿児島・熊本・宮崎 |
| 本部 | 鹿児島市 |
| 海上保安部（署） | 鹿児島・（喜入）・（指宿）・（志布志）・（種子島）・串木野・奄美・（古仁屋）・熊本・（天草）・（八代）・宮崎・（日向） |
| 航空基地 | 鹿児島 |
第十一管区
| 管轄 | 沖縄 |
| 海上保安部（署） | 那覇・（名護）・中城・石垣・宮古島 |
| 航空基地 | 那覇・石垣 |
各種部隊
■特殊救難隊
転覆船・沈没船からの乗組員の救助や、遭難者の救助、危険物積載船の海難救助などを行います。潜水による船内捜索、ヘリコプター降下による救助など高度な知識技能が必要な事案に対応します。６隊３６名編成で、羽田特殊救難基地に配属されており、２４時間体制で海難事故に備えています。要請により日本全国および日本の救難担任地域に出動します。普段はどのような海難事故にも対応できるように、横浜海上防災基地や極寒の湖などで潜水・行軍訓練などを行っています。潜水士の中から特別に選抜された者のみが配属されます。
転覆船・沈没船からの乗組員の救助や、遭難者の救助、危険物積載船の海難救助などを行います。潜水による船内捜索、ヘリコプター降下による救助など高度な知識技能が必要な事案に対応します。６隊３６名編成で、羽田特殊救難基地に配属されており、２４時間体制で海難事故に備えています。要請により日本全国および日本の救難担任地域に出動します。普段はどのような海難事故にも対応できるように、横浜海上防災基地や極寒の湖などで潜水・行軍訓練などを行っています。潜水士の中から特別に選抜された者のみが配属されます。■機動防除隊
石油や化学薬品の流出事故など際、指導・アドバイス・調整等を行う専門集団で、４隊１６名により編成されています。海上火災の際にもに対応します。横浜機動防除基地に配属されており、普段は、全国やアジア各地で講習等を行っています。
■特別警備隊
通称特警隊。海上デモへの対応、密航船の制圧などを行う警察の機動隊に相当する部隊です。全国の警備実施強化巡視船（通称特警船）１４隻に配属されており、一個特別警備隊あたり２個小隊約３０名の隊員が配属されています。普段は原発等重要施設の警備と訓練を行っており、特殊警備隊や警察の機動隊と合同訓練を行うこともあるようです。警備の際は、小回りのきく大型巡視艇（PC）や中型巡視艇（CL）に乗り込んだり、巡視船搭載の複合艇などを使用して警備を行います。出動の際は、は警棒、自動拳銃、自動小銃、大盾、防弾盾、防弾ヘルメットなどを装備します。各特別警備隊ごとにエンブレムがあり、大楯などに描かれる場合があります。
■特殊警備隊
通称ＳＳＴ。いわゆる特殊部隊です。シージャック，サリン等の有毒ガス使用事案などの高度な知識及び技術を必要とする特殊な海上警備事案に対応します。装備は、世界の警察特殊部隊と同等なものを装備しています。日本の特殊部隊の中では最多の実戦出動（船舶での暴動鎮圧、不審船の追跡など）を誇ります。大阪特殊警備基地に配属されています。詳しくは特集 特殊警備隊へ。
石油や化学薬品の流出事故など際、指導・アドバイス・調整等を行う専門集団で、４隊１６名により編成されています。海上火災の際にもに対応します。横浜機動防除基地に配属されており、普段は、全国やアジア各地で講習等を行っています。
■特別警備隊
通称特警隊。海上デモへの対応、密航船の制圧などを行う警察の機動隊に相当する部隊です。全国の警備実施強化巡視船（通称特警船）１４隻に配属されており、一個特別警備隊あたり２個小隊約３０名の隊員が配属されています。普段は原発等重要施設の警備と訓練を行っており、特殊警備隊や警察の機動隊と合同訓練を行うこともあるようです。警備の際は、小回りのきく大型巡視艇（PC）や中型巡視艇（CL）に乗り込んだり、巡視船搭載の複合艇などを使用して警備を行います。出動の際は、は警棒、自動拳銃、自動小銃、大盾、防弾盾、防弾ヘルメットなどを装備します。各特別警備隊ごとにエンブレムがあり、大楯などに描かれる場合があります。
■特殊警備隊
通称ＳＳＴ。いわゆる特殊部隊です。シージャック，サリン等の有毒ガス使用事案などの高度な知識及び技術を必要とする特殊な海上警備事案に対応します。装備は、世界の警察特殊部隊と同等なものを装備しています。日本の特殊部隊の中では最多の実戦出動（船舶での暴動鎮圧、不審船の追跡など）を誇ります。大阪特殊警備基地に配属されています。詳しくは特集 特殊警備隊へ。
