密漁船とはその名の通り、違法に魚を捕る密漁を行う船です。密漁船の取締は、基本的には水産庁の漁業監督官や都道府県の漁業監督吏員が行います。海上保安庁はそれらに協力するという形で密漁の取締を行います。海上保安庁が扱う主な密漁の法令違反のケースは以下の通りです。
・魚業法違反
・都道府県の漁業調整規則違反
魚業法違反では、無許可操業や操業水域違反を行っていたり、魚を捕った量を記載する操業日誌の不備（操業日誌を書かない、取れた量よりも少なく記載する）があるために立入検査から逃げようとして立入検査忌避（立入検査を拒否して逃走等の抵抗をはかること）で拿捕され逮捕されるケースが多いです。漁業法違反では対馬近海や尖閣諸島周辺など、日中韓のEZZの境界付近で多く発生し、韓国や中国などの外国漁船が拿捕・逮捕される場合が多いです。これらの外国漁船の中には、確信的に密漁を行っている者もおり、韓国のトロール漁船などは、１０数隻で船団を組み、堂々と密漁をしているケースもありました。これらの船団は、水産庁や海上保安庁の取り締まりの妨害をし、時には水産庁の漁業取締船に体当たりを仕掛けてくる場合もありました。
漁業調整規則違反では、取ってはいけない大きさの魚や貝類、ウニなどを捕ったり、行ってはいけない漁の仕方（素潜り漁しか行ってはいけない場所で、潜水器を使った漁をする等）により逮捕されるケースが多いです。主に瀬戸内海や沿海で密漁が多く、近年は日本の暴力団が荷担した密漁が増えています。
追跡の最中は、様々な手法を持って停船するように警告します。相手が韓国漁船だと、石や工具、包丁などを投げて抵抗する場合もあります。これに対して無線やマイク、電光掲示板はもとより、空気銃で発射するゴム弾や手で投げる閃光弾、音響弾等を使用して警告します。場合によっては自動小銃を向けることもあるようです。
これでも停船しない場合は、最終手段として強行接舷を行い拿捕します。これは巡視船艇を相手の船にぶつけて、海上保安官を密漁船に乗り込ませ、停船させる方法です。
具体的には以下のように行われます。・強行接舷を行う巡視船艇の前部に防舷材（船同士が接触しても傷がつかないようにし、衝突したときの衝撃を和らげるもの）を取り付けます。・前部甲板に拳銃や特殊警棒、防刃・防弾ベストなどを装備した捕捉要員の海上保安官を配置します。大型巡視艇（PC）で３～５名程度の補足要員です。
・巡視船艇を密漁船の後方や斜め後方から近づけ、タイミングを計り、巡視船艇を密漁船に体当たりさせます。防舷材があるため、衝撃はあまり大きくはありません。
・体当たりと同時に、捕捉要員が密漁船に乗り込みます。必要な捕捉要員が密漁船に乗り込むのを確認して、巡視船艇は密漁船から離れます。必要とあれば他の巡視船艇からも同じようにして捕捉要員が送り込まれます。
・密漁船に乗り込んだ捕捉要員は、直ちに操舵室（場合によっては機関室）に向かい、船を停船させます。そして抵抗する密漁者がいれば制圧し、船長を逮捕します。
・強行接舷により拿捕した密漁船は、乗組員とともに最寄りの海上保安部に曳航されて、調査・取り調べを受けます。
強行接舷は主に大型巡視艇や小型巡視船（PS）で行われる手法です。大型巡視船（PL）などでは、搭載している警備救難艇や複合艇を利用して行います。密漁船が追跡する巡視船艇に体当たりをするなど、危険な逃走をしている場合は、ごくまれに１０００トン型や２０００トン型の大型巡視船でも強行接舷を行う場合があります。
また相手が高速の密漁船の場合には、スクリューに網を絡ませ、速度を落とす手法などもとられます。
強行接舷は大変危険な手法です。一歩間違えば海上に転落します。そのため、強行接舷は警告を繰り返しても停船しない場合の最後の手段として行われます。
